Gimnazjum w Czarnożyłach rozpoczęło swoją działalność, podobnie jak wszystkie placówki tego typu w Polsce w roku szkolnym 1999/2000. Pierwsze posiedzenie Rady Pedagogicznej odbyło się 27.08.1999. Na zebraniu obecni byli: dyrektor pani Irena Mielczarek oraz pozostali nauczyciele: J. Nowak, Z. Ostenda, Z. Pasieka, B. Małyszka, G. Rzepka, D. Bartodziej, I. Gronkowska, K. Gmerek. Początkowo gimnazjum funkcjonowało w dwóch budynkach, dzieląc je równocześnie ze szkolą podstawową, oraz w nowo wybudowanej sali gimnastycznej. W roku 2005 zakończono rozbudowę jednego z budynków szkolnych, do którego przeniosło się gimnazjum. Od tego momentu szkoła mieści się w jednym kompleksie przestrzennym. W 2009 roku przy szkole oddano do użytku nowoczesne boisko o nawierzchni sztucznej, z którego uczniowie korzystają na zajęciach jak i w czasie wolnym. W planach pozostaje budowa pełnowymiarowego boiska do piłki nożnej z nawierzchnią trawiastą i bieżni lekkoatletycznej. Organem prowadzącym jest Samorząd Gminy Czarnożyły.